Το Αρχειοφυλακείο Ζακύνθου ιδρύθηκε από τους Ενετούς τα τέλη του 15ου αι. όταν και κατέλαβαν το νησί (1487) και συνέχισε να λειτουργεί επί Δημοκρατικών Γάλλων (1797-1798), Ρωσσότουρκων (1798-1799), Επτανήσου Πολιτείας (1800-1807), Αυτοκρατορικών Γάλλων (1807-1809) και Βρετανικής Αυτοκρατορίας (1809-1864). Μετά την Ένωση της Επτανήσου με την Ελλάδα συνέχισε τη λειτουργία του μέχρι το 1953 όταν καταστράφηκε ολοσχερώς από το σεισμό και τη φωτιά που εκδηλώθηκε στο κτήριο.

Επί Ενετοκρατίας τοποθετούνταν επικεφαλής της υπηρεσίας αρχειοφύλακας εκλεγμένος από το Συμβούλιο της Κοινότητας με ένα βοηθό. Επί Αγγλικής Προστασίας στο Αρχειοφυλακείο υπηρετούσαν ένας Αρχειοφύλακας και πέντε βοηθοί, αλλά μετά την Ένωση με την Ελλάδα (1864) διατηρήθηκε μόνο η θέση του Αρχειοφύλακα και ενός βοηθού. Το 1893 διορίστηκε ως βοηθός ο Λ. Χ. Ζώης, ο οποίος διετέλεσε Αρχειοφύλακας από το 1911 έως το 1935, τα δε έγγραφα τα οποία διέσωσε είναι και τα μοναδικά που επέζησαν μετά την καταστροφή του 1953.

Το Αρχείο ανασυστάθηκε με το Νόμο 2609/1954, ως Ιστορικό Αρχείο Ζακύνθου, μετά την ολοσχερή καταστροφή του 1953 και μ’ αυτή την ονομασία λειτούργησε μέχρι το 1991 όταν με το Νόμο 1946/1991 για τα Γενικά Αρχεία του Κράτους μετονομάστηκε σε ΓΑΚ - Αρχεία Νομού Ζακύνθου. Ο νόμος αυτός καθορίζει το νομοθετικό πλαίσιο που διέπει τη λειτουργία των Γ.Α.Κ., ως αυτοτελούς δημόσιας υπηρεσίας που υπάγεται απευθείας στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων.

Στέγαση

Επί Ενετοκρατίας, το Αρχειοφυλακείο στεγαζόταν σε στρατώνα στο Φρούριο, ενώ επί Ρωσσοτούρκων μεταφέρθηκε στο παραθαλάσσιο τμήμα της πόλης, με τμήματα που στεγάζονταν σε διάφορα οικήματα μέχρι και το 1827 (Αγγλοκρατία), οπότε όλα τα τμήματα του Αρχείου συγκεντρώθηκαν στο ισόγειο του κτηρίου του Ενεχυροδανειστηρίου. Τα δικαστικά έγγραφα των εκάστοτε διοικήσεων στεγάστηκαν κάτω από τα Δικαστήρια μέχρι και το 1893, οπότε, μετά από κλοπή μέρους των εγγράφων, μεταφέρθηκαν στο κεντρικό κτήριο του Ενεχυροδανειστηρίου. Μετά την καταστροφή του 1953, τα Αρχεία Ζακύνθου στεγάστηκαν αρχικά σε αίθουσα του Μικρού Διοικητηρίου και αργότερα σε δύο συνεχόμενες αίθουσες του ισογείου του Δημοτικού Πνευματικού Κέντρου, κατά παραχώρηση του Δήμου Ζακυνθίων, όπου βρίσκονται μέχρι και σήμερα.